Takashi Koyama

@takashik1201

熟しすぎたポスドク。絶賛就活中です! 基本サイエンスに関することしかつぶやきません。目指せ第2のバイオステーション。 コメントでのディスカッション大歓迎!

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  1. proslijedio/la je Tweet
    20. sij

    バッチ効果補正アルゴリズムComBatのRNA-seq版。データは対数変換したりせず、raw countを使える。

    Poništi
  2. 3. velj

    MNaseを使ってオープンクロマチンを検出する方法。大半がDNase-seqやATAC-seqで検出されたサイトと一致する一方、MNase特異的に検出されるサイトにはH3K27me3やDNA methylationがエンリッチされている。

    Poništi
  3. proslijedio/la je Tweet
    23. sij

    I just learned that in when you press ALT (and keep it pressed) it’s possible to select code in a rectangle and change it!! … Why didn’t I know this??? 👩‍💻🤯

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  4. proslijedio/la je Tweet
    22. sij

    sina plotがオススメです。 scatterとviolinを組み合わせたグラフです。

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  5. proslijedio/la je Tweet

    プレスリリース|大規模データに対する主成分分析の性能を評価-100万規模の1細胞発現データで検証-

    Poništi
  6. 19. sij

    recessive alleleのpositive selectionと、standing variationのdominant alleleのselectionなどうやって見分ければいいんだろう?

    Poništi
  7. 16. sij

    確かにそう言われてみればその通りだ。ガンじゃないほうが良いのに、ガンが見つかって安心するっていう、訳がわからない状況になるね。

    Poništi
  8. proslijedio/la je Tweet
    15. sij

    タンパク質の発現量は可溶性の限度付近になるという“life on the edge of solubility”仮説を検証した論文。線虫において多くのタンパク質は、可溶性の限度を10%ほど超える量で発現しているらしい。老化に従って凝集が増え、特に液液相分離関連のタンパク質が凝集しやすい。

    Poništi
  9. proslijedio/la je Tweet

    DNA切断によるエピジェネ状態の変化が老化の原因である!という論文 遺伝子改変マウスで一過的にDNA切断を誘導すると、エピジェネ状態が老化マウスに近くなるとともに、生理的、認知的、分子的に老化が早くなることを発見 老化までの時計はエピジェネによって刻まれるかも!

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  10. proslijedio/la je Tweet
    15. sij

    PAGで又聞きした「雑草」セッションの衝撃。雑草という名の植物はいない(木原均)ので、アマランサスの話。除草剤耐性を獲得した原因を調べたら、染色体のそこら中で耐性遺伝子の数が爆増。耐性遺伝子が環状DNA化して大量に複製し染色体にくっついてた。

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    Poništi
  11. 15. sij

    ところでmediation analysis なる解析方法をはじめて知った

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  12. proslijedio/la je Tweet
    14. sij

    【お尋ね】リファクタリングするときに、色々悩んだ挙げ句結局元の方法の方が良かったと後になって分かることが度々あり、恐らくリファクタリングするときに見るスコープが小さくなって局所最適になっている可能性がある。こういうことを避けるために工夫されていることがあれば、ぜひ教えて下さい…。

    Poništi
  13. proslijedio/la je Tweet
    14. sij

    Count data can be modeled with many different probability distributions and it's sometimes easy to confuse them. I typed up a review of popular distributions such as multinomial and negative binomial showing how they are related mathematically

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    Poništi
  14. 15. sij

    phenotypingが難しい形質であればある程、QTL解析から先に進むことが難しいという印象をもった(これまでもそう思っていたけれど)。そういう場合、原因遺伝子同定はさっさと諦めてストーリーをうまく作ってまとめることに注力するのが吉。まあそれが難しいんだけど。

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    Poništi
  15. 15. sij

    SC長の測定でX染色体を除外したにも関わらず、QTLがX染色体から検出されたので、SC長をコントロールする遺伝子はおそらくtransに効いている。ハイブリッド間で独立したQTLが検出されたことは、組み換えの進化が非常に短い進化タイムスケールで起こっている事を示唆している。

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  16. 15. sij

    divergent timeが異なる2種類のハイブリッドを用いて、シナプトネマ構造の長さ(SC length; おそらくSCのピクセル数)の進化を調べた論文。SC長は複数の遺伝子座によってコントロールされており、二種類のハイブリッド間で独立したQTLにより支配されている。

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  17. proslijedio/la je Tweet
    14. sij
    Poništi
  18. 15. sij

    scRNA-seqデータ解析において、transcriptのカウントデータに加えて、バリアント情報も考慮して細胞集団を分類するツール。論文ではガンサンプルへの適用について言及しているが、メタゲノム解析にも使えるかもしれない。バクテリアは非ポリAなのでDrop-seqは使えないけど。

    Poništi
  19. 15. sij

    バイオフィルム形成を阻害新しいタイプの抗菌薬。従来の抗生物質とは異なり、ラボ実験下では耐性菌が感受性菌との生存競争に負けてしまうため、耐性菌の増殖が起きないらしい。 ラボ実験だけで本当に耐性菌問題が解決されるのかは分からないけど、非常に有望な解決策になるかもしれない。

    Poništi
  20. 15. sij

    RNA-seqデータからバッチエフェクトを取り除くツール。今後、多検体RNA-seqを進めていく中でお世話になるかもしれない。

    Poništi

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