Preskoči na sadržaj
Korištenjem servisa na Twitteru pristajete na korištenje kolačića. Twitter i partneri rade globalno te koriste kolačiće za analize, personalizaciju i oglase.

Za najbolje sučelje na Twitteru koristite Microsoft Edge ili instalirajte aplikaciju Twitter iz trgovine Microsoft Store.

  • Naslovnica Naslovnica Naslovnica, trenutna stranica.
  • O Twitteru

Spremljena pretraživanja

  • obriši
  • U ovom razgovoru
    Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @
Predloženi korisnici
  • Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @
  • Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @
  • Jezik: Hrvatski
    • Bahasa Indonesia
    • Bahasa Melayu
    • Català
    • Čeština
    • Dansk
    • Deutsch
    • English
    • English UK
    • Español
    • Filipino
    • Français
    • Italiano
    • Magyar
    • Nederlands
    • Norsk
    • Polski
    • Português
    • Română
    • Slovenčina
    • Suomi
    • Svenska
    • Tiếng Việt
    • Türkçe
    • Български език
    • Русский
    • Српски
    • Українська мова
    • Ελληνικά
    • עִבְרִית
    • العربية
    • فارسی
    • मराठी
    • हिन्दी
    • বাংলা
    • ગુજરાતી
    • தமிழ்
    • ಕನ್ನಡ
    • ภาษาไทย
    • 한국어
    • 日本語
    • 简体中文
    • 繁體中文
  • Imate račun? Prijava
    Imate račun?
    · Zaboravili ste lozinku?

    Novi ste na Twitteru?
    Registrirajte se
Profil korisnika/ce lpachter
Lior Pachter
Lior Pachter
Lior Pachter
@lpachter

Tweets

Lior Pachter

@lpachter

Bren Professor of Computational Biology at Caltech. Blog at http://liorpachter.wordpress.com . #methodsmatter

Pasadena, CA
pachterlab.github.io
Vrijeme pridruživanja: travanj 2009.

Tweets

  • © 2020 Twitter
  • O Twitteru
  • Centar za pomoć
  • Uvjeti
  • Pravila o privatnosti
  • Imprint
  • Kolačići
  • Informacije o oglasima
Odbaci
Prethodni
Sljedeće

Idite na profil osobe

Spremljena pretraživanja

  • obriši
  • U ovom razgovoru
    Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @
Predloženi korisnici
  • Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @
  • Ovjeren akauntZaštićeni tweetovi @

Odjava

Blokiraj

  • Objavi Tweet s lokacijom

    U tweetove putem weba ili aplikacija drugih proizvođača možete dodati podatke o lokaciji, kao što su grad ili točna lokacija. Povijest lokacija tweetova uvijek možete izbrisati. Saznajte više

    Vaši popisi

    Izradi novi popis


    Manje od 100 znakova, neobavezno

    Privatnost

    Kopiraj vezu u tweet

    Ugradi ovaj Tweet

    Embed this Video

    Dodajte ovaj Tweet na svoje web-mjesto kopiranjem koda u nastavku. Saznajte više

    Dodajte ovaj videozapis na svoje web-mjesto kopiranjem koda u nastavku. Saznajte više

    Hm, došlo je do problema prilikom povezivanja s poslužiteljem.

    Integracijom Twitterova sadržaja u svoje web-mjesto ili aplikaciju prihvaćate Twitterov Ugovor za programere i Pravila za programere.

    Pregled

    Razlog prikaza oglasa

    Prijavi se na Twitter

    · Zaboravili ste lozinku?
    Nemate račun? Registrirajte se »

    Prijavite se na Twitter

    Niste na Twitteru? Registrirajte se, uključite se u stvari koje vas zanimaju, i dobivajte promjene čim se dogode.

    Registrirajte se
    Imate račun? Prijava »

    Dvosmjerni (slanje i primanje) kratki kodovi:

    Država Kod Samo za korisnike
    Sjedinjene Američke Države 40404 (bilo koje)
    Kanada 21212 (bilo koje)
    Ujedinjeno Kraljevstvo 86444 Vodafone, Orange, 3, O2
    Brazil 40404 Nextel, TIM
    Haiti 40404 Digicel, Voila
    Irska 51210 Vodafone, O2
    Indija 53000 Bharti Airtel, Videocon, Reliance
    Indonezija 89887 AXIS, 3, Telkomsel, Indosat, XL Axiata
    Italija 4880804 Wind
    3424486444 Vodafone
    » Pogledajte SMS kratke šifre za druge zemlje

    Potvrda

     

    Dobro došli kući!

    Vremenska crta mjesto je na kojem ćete provesti najviše vremena i bez odgode dobivati novosti o svemu što vam je važno.

    Tweetovi vam ne valjaju?

    Prijeđite pokazivačem preko slike profila pa kliknite gumb Pratim da biste prestali pratiti neki račun.

    Kažite mnogo uz malo riječi

    Kada vidite Tweet koji volite, dodirnite srce – to osobi koja ga je napisala daje do znanja da vam se sviđa.

    Proširite glas

    Najbolji je način da podijelite nečiji Tweet s osobama koje vas prate prosljeđivanje. Dodirnite ikonu da biste smjesta poslali.

    Pridruži se razgovoru

    Pomoću odgovora dodajte sve što mislite o nekom tweetu. Pronađite temu koja vam je važna i uključite se.

    Saznajte najnovije vijesti

    Bez odgode pogledajte o čemu ljudi razgovaraju.

    Pratite više onoga što vam se sviđa

    Pratite više računa da biste dobivali novosti o temama do kojih vam je stalo.

    Saznajte što se događa

    Bez odgode pogledajte najnovije razgovore o bilo kojoj temi.

    Ne propustite nijedan aktualni događaj

    Bez odgode pratite kako se razvijaju događaji koje pratite.

    Lior Pachter‏ @lpachter 2. pro 2017.
    • Prijavi Tweet

    Please stop using Tophat https://scholar.google.com.mx/scholar?hl=es&as_sdt=0,5&sciodt=0,5&cites=8738037394046694029&scipsc=&q=&scisbd=1 … Cole and I developed the method in *2008*. It was greatly improved in TopHat2 then HISAT & HISAT2. There is no reason to use it anymore. I have been saying this for years yet it has more citations this year than last #methodsmatter

    12:26 - 2. pro 2017.
    • 665 proslijeđenih tweetova
    • 811 oznaka „sviđa mi se”
    • Fatima Sharifi 👩🏻‍💻🦠🧬 Tu Huynh Darryl Nousome Michael Sovic Marvin Nayan Geoff Ivison aysemuniz Truman Lab D M Francis
    17 replies 665 proslijeđenih tweetova 811 korisnika označava da im se sviđa
      1. Lior Pachter‏ @lpachter 2. pro 2017.
        • Prijavi Tweet

        I was amazed to see that just last month @GTExPortal published its main paper with TopHat 1.4 https://www.nature.com/nature/journal/v550/n7675/full/nature24277.html … That's not even the most recent version of TopHat! There have been 16 releases since then (2012), the most recent in 2016. And that's 3 *programs* ago!

        18 proslijeđenih tweetova 50 korisnika označava da im se sviđa
        Prikaži ovu nit
        Hvala. Twitter će to iskoristiti za poboljšanje vaše vremenske crte. Poništi
        Poništi
      1. Novi razgovor
      2. jimhu‏ @jimhu 24. tra 2019.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        I've seen this plea to stop using Tophat before, and I've even seen reviewers knock proposals for using it. But while there may be no reason to use it, it would be useful to list the reasons to NOT use it other than age. 1/

        0 proslijeđenih tweetova 1 korisnik označava da mu se sviđa
      3. Lior Pachter‏ @lpachter 24. tra 2019.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @jimhu

        The reason not to use it is performance. "TopHat2 is consistently among the worst performers on both human and malaria T2 and T3 libraries." https://www.nature.com/articles/nmeth.4106 … There are many other published benchmarks corroborating this result.

        1 proslijeđeni tweet 2 korisnika označavaju da im se sviđa
      4. Još 2 druga odgovora
      1. Novi razgovor
      2. Gavin Sherlock‏ @gsherloc 2. pro 2017.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        Just remove releases from the tophat website!

        1 proslijeđeni tweet 8 korisnika označava da im se sviđa
      3. Lior Pachter‏ @lpachter 2. pro 2017.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @gsherloc

        It's not my website. cc @StevenSalzberg1.

        0 replies 0 proslijeđenih tweetova 2 korisnika označavaju da im se sviđa
      4. Kraj razgovora
      1. Steven Salzberg‏ @StevenSalzberg1 5. pro 2017.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        I rt'd this but a colleague suggested I reply in this thread: to be accurate, TopHat was developed by Cole Trapnell (1st), Lior, and me. (I shouldn't have to explain this but....) TopHat2's primary developer was Daehwan Kim @infphilo, who also built HISAT.

        0 replies 1 proslijeđeni tweet 18 korisnika označava da im se sviđa
        Hvala. Twitter će to iskoristiti za poboljšanje vaše vremenske crte. Poništi
        Poništi
      1. Novi razgovor
      2. Eddie Park‏ @RNAEddie 27. velj 2019.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        My guess is that a lot of people like your nature protocol paper that easily lays out RNA-seq analysis steps. Maybe writing a new protocol paper might get the change you seek

        1 reply 0 proslijeđenih tweetova 8 korisnika označava da im se sviđa
      3. Geraldine Van der Auwera‏ @VdaGeraldine 19. lip 2019.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisnicima @RNAEddie @lpachter

        My GATK protocol paper from 2013 gets tons of citations despite being horribly out of date. Though I'm not convinced it's what people are doing in practice; it might be just what they're citing because we don't have more appropriate citable papers. We're working on fixing that.

        0 replies 0 proslijeđenih tweetova 2 korisnika označavaju da im se sviđa
      4. Kraj razgovora
      1. Mick Watson‏ @BioMickWatson 2. pro 2017.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        Possibly folk using TopHat2 and citing the wrong paper but still...

        0 replies 0 proslijeđenih tweetova 9 korisnika označava da im se sviđa
        Hvala. Twitter će to iskoristiti za poboljšanje vaše vremenske crte. Poništi
        Poništi
      1. NBIS‏ @NBISwe 3. pro 2017.
        • Prijavi Tweet
        Odgovor korisniku/ci @lpachter

        We are also seeing some people still using TopHat in Sweden... It was a big hit and now it is hard to fight with old habits, set-up pipelines and lag in publications. We are with you, #methodsmatter and there should be no excuses here anymore. We do our best to stop the trend!

        0 replies 1 proslijeđeni tweet 3 korisnika označavaju da im se sviđa
        Hvala. Twitter će to iskoristiti za poboljšanje vaše vremenske crte. Poništi
        Poništi

    Čini se da učitavanje traje već neko vrijeme.

    Twitter je možda preopterećen ili ima kratkotrajnih poteškoća u radu. Pokušajte ponovno ili potražite dodatne informacije u odjeljku Status Twittera.

      Sponzorirani tweet

      false

      • © 2020 Twitter
      • O Twitteru
      • Centar za pomoć
      • Uvjeti
      • Pravila o privatnosti
      • Imprint
      • Kolačići
      • Informacije o oglasima