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    Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

    Update from @my_helix SARS-CoV-2 surveillance program Check https://public.tableau.com/profile/helix6052#!/vizhome/SGTFDashboard/SGTFDashboard … 🧵 with FL, TX, GA, CA & MA + results on identification of B.1.351 & P.1 !! FL: B.1.1.7 is ~40% of positives. 📈 about as predicted Absolute numbers of B117 up despite overall 📉 in casespic.twitter.com/MHmpxw9NvN

    16:34 - 5 mars 2021
    • 28 Retweets
    • 44 J'aime
    • zapateroto Endless Capital SiKzography MD Sergio Casco Alvaro Marco Hein 😷 Shannon Rippner Jean-Denis LEFEUVRE Allison Ash
    3 réponses 28 Retweets 44 j'aime
      1. Nouvelle conversation
      2. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        2/ Texas March 3: B117 were ~30% of positive tests. 26% with 5-day avg. Absolute numbers of SGTF (a great proxy for B117 now) also going up despite big decrease in overall cases (as seen overall in US) Note: this is only based on Helix datapic.twitter.com/xVOqEyz6TJ

        1 réponse 4 Retweets 7 j'aime
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      3. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        3/ Georgia March 3: B117 represents ~26% of positive tests. Absolute numbers of SGTF (a great proxy for B117 now) also going up despite big decrease in overall cases (as seen overall in US)pic.twitter.com/v1dAHWF5Qr

        1 réponse 1 Retweet 4 j'aime
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      4. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        4/ California March 4: B117 is 27% of positives but 5-day avg is lower at 18%. Absolute numbers of B117 do go up despite the big decrease in number of total cases, but it is perhaps less striking than FL, GA or TX.pic.twitter.com/wNY8VpKkyc

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      5. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        5/ Massachusetts MA is so interesting because in Nov & Dec it had a STABLE 3-5% of tests that were SGTF (S gene target failure). These were NOT B.1.1.7 (they were B.1.375 and other lineages with H69del). As soon as B117 was detected in early Feb, fraction of SGTF started 📈pic.twitter.com/IMtrDeq3u6

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      6. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        6/ Info on other variants B.1.351 : variant of concern first identified in South Africa 4 cases: 1 in CT, 1 in FL, 1 in GA, 1 in NC P.1 : variant of concern first identified in Brazil 3 cases: all in FL All the data: https://github.com/myhelix/helix-covid19db … (thanks @simonjwhite71 @Maglaar)pic.twitter.com/LNMWk32DSB

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      7. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        7/ Other vars NOT of concern B.1.525: 25 times incl. 10 in GA Defining mutations include: S:E484K S:H69delV70del -> it is a SGTF (keep in mind) Orf1a:9bp del also seen in B.1.1.7, B1.351 & P.1 Is it of interest? Do we know if the 9bp del in Orf1a has impact? @firefoxx66pic.twitter.com/epPUCaS8KJ

        source: https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html 
 
Rambaut A, Holmes EC, O’Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, du Plessis L & Pybus OG (2020) Nature Microbiology DOI:10.1038/s41564-020-0770-5
        Áine O'Toole
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      8. Alexandre Bolze‏ @alexbolze 6 mars

        8/ Source for screenshot ☝️ https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html … Curious to know who decides (& how) whether a variant is of interest. & is there a resource gathering functional info on mutations outside Spike protein? Orf1a 9bp del? N:M1X? etc do they matter? @K_G_Andersen @trvrb

        1 réponse 2 Retweets 6 j'aime
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      9. Fin de la conversation
      1. Nouvelle conversation
      2. Allison Ash‏ @ElarraAsh 6 mars
        En réponse à @alexbolze @CavedaleRhones @my_helix

        Scary

        0 réponse 0 Retweet 0 j'aime
      3. Ryan Horath‏ @therealrthorat 18 sil y a 18 secondes
        En réponse à @ElarraAsh @alexbolze et

        Why are reports of falling infections everywhere "scary"? As I have been predicting for a long time, the data so far do not support the claim that the variants of concern will lead to a large increase in cases. This data is not scary, but rather reassuring.

        0 réponse 0 Retweet 0 j'aime
      4. Fin de la conversation
      1. 弦外無音‏ @Sisyphu4 6 mars
        En réponse à @alexbolze @K_G_Andersen @my_helix

        @threadreaderapp unroll please

        1 réponse 0 Retweet 0 j'aime
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