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1/23 On passe à la 2ème partie du thread issu des données de l'ONS

. Lien vers la 1ère partie du thread : twitter.com/C_A_Gustave/st

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11:37 PM · Dec 25, 2022

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2/32 On va utiliser les enquêtes ONS 🇬🇧 pour extrapoler aux données FR 🇫🇷 où nous ne disposons malheureusement que des rares tests de dépistage/diagnostic, et n'avons donc pas accès à la prévalence réelle des infections dans la population FR 🇫🇷...

3/32 L'outil qui va nous aider à faire cette extrapolation est le ratio entre le taux de positivité des tests 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿🔵 VERSUS prévalence réelle des infections dans la population 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿🟠. ◀️ Suivi des 2 indicateurs ▶️ Ratio au cours du temps

4/32 Si on fait l'hypothèse que l'échantillonnage de population dépistée est le même au UK 🇬🇧 et en FR 🇫🇷, on peut alors utiliser ce ratio pour convertir notre taux de positivité des tests, en prévalence réelle des infections dans la population (% de pop infectée)...

5/32 Cette hypothèse est-elle valable ? Tout d'abord, est-ce que 🇫🇷 dépiste autant que 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿 ? Depuis Omicron/2022, dépistage 🇫🇷 > dépistage 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿. On pourrait donc se dire qu'on détecte une plus grande part de nos infections réelles !?...

6/32 Cependant, le taux de positivité des tests est bien plus élevé en 🇫🇷 qu'au 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿, ce qui suggère une épidémie plus active en 🇫🇷 qu'en 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿. Donc même si on teste plus qu'eux, on ne recense pas forcément un plus grand % de nos infections réelles...

7/32 Cette hypothèse est d'ailleurs cohérente avec un impact hospitalier plus élevé en 🇫🇷 qu'au 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿, ce qui suggère une épidémie plus active et/ou une protection immunitaire moindre en 🇫🇷 versus 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿

8/32 On va donc utiliser notre taux de positivité des tests pour estimer la prévalence réelle des infections en FR 🇫🇷. Sources des données FR : A) data.gouv.fr/fr/datasets/sy B) data.gouv.fr/fr/datasets/do

9/32 Voyons d'abord les indicateurs épidémio 🇫🇷 APPARENTS (issus uniquement des tests de dépistage/diagnostic). Comme au UK 🇬🇧, on aurait l'impression que l'ampleur des contaminations a ↘️↘️↘️ en 2022. Cf. taux d'incidence APPARENT par classes d'âge jusqu'en semaine 50

10/32 Si on compare 2020/2021/2022, on aurait même l'impression que la circulation virale automnale n'a pas changé d'ampleur sur ces 3 années, comme si Omicron n'avait eu aucun impact 😅 (hormis le nombre de vagues qui ↗️ chaque année)

11/32 Mais on n'interprète jamais un taux d'incidence isolé, sans 2 autres paramètres indissociables. Tout d'abord le taux de dépistage. On ne trouve que ce que l'on cherche ! Actuellement, il est effondré...

12/32 Là encore, si on compare 2020/2021/2022, on constate qu'on est revenu à un niveau de dépistage parmi les plus bas. NOTE : en raison de ce SOUS-dépistage, beaucoup de CoViD vont donc être prises pour des "grippes" cet hiver 🤷‍♂️

13/32 Outre le taux de dépistage ↘️↘️, contrairement à 2020/2021 la majorité des tests ne sont plus des RT-PCR (sensibles++), mais : A) des tests antigéniques (moins sensibles) B) des autotests (très peu sensibles et pas recensés)

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Nicolas Berrod

@nicolasberrod

Nov 10, 2022

Mais "la dynamique des tests antigéniques seuls (qui représentent plus de 50% des tests totaux) est très corrélée à la dynamique de l’ensemble des tests et permet donc de continuer à apprécier l’évolution de l’épidémie", indique SPF. 3/4

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14/32 Ce SOUS-dépistage est aussi accentué par les définitions SI-DEP qui n'ont toujours pas été actualisées depuis début 2021 ! Or désormais, les vagues se succèdent rapidement, avec des variants à fort échappement immunitaire (réinfections ↗️↗️)

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Nov 26, 2022

41/42 En cas de réinfection (+en+ fréquentes avec les variants à échappement immunitaire

), on ne peut pas être recensé comme "nouveau cas" si on a déjà été infecté et recensé dans les 60 jours qui précèdent. Définition pas actualisée depuis 03/2021 !

santepubliquefrance.fr/media/files/01

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15/32 On arrive alors à l'autre paramètre indissociable du taux d'incidence = le taux de positivité des tests. En 2022, il s'est littéralement envolé sous l'effet de : A) Omicron et ↗️↗️ des infections B) ↘️↘️ du dépistage

16/32 Actuellement il est 2 à 4x plus élevé qu'en 2020 ou 2021 à la même période. En "plateau" chez les plus âgés. En ↘️ chez les plus jeunes. Nous approchons aussi de la période qui a vu les vagues les plus massives : 2020-2021 = Alpha 2021-2022 = Omicron BA.1

17/32 À l'aide du ratio UK 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿, nous allons convertir ce taux de positivité FR 🇫🇷, en une estimation de prévalence réelle des infections dans la population FR 🇫🇷 🟠, et la comparer à cette même prévalence dans la population 🇬🇧🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿 ⚫ (enquête ONS)

18/32 On peut alors mettre en parallèle cette prévalence réelle estimée en FR 🇫🇷 🟠, avec le taux d'incidence FR 🇫🇷 apparent 🔵 (tests de dépistage/diagnostic), pour voir la fraction de PORTEURS du virus qu'on recense chaque semaine

19/32 On peut aussi convertir la prévalence réelle FR 🇫🇷 estimée, dans le format utilisé par l'ONS 🇬🇧 pour illustrer le risque de contact avec un infecté. Au 09/12, 6,4% de pop FR 🇫🇷 était infectée, soit 1 infecté pour ~15 à 16 personnes ! À comparer au UK 🇬🇧 🔽

20/32 Pour finir, l'impact hospitalier FR 🇫🇷. Si on compare la prévalence réelle FR 🇫🇷 estimée 🟠, et les données hospit 🟢, l'impact hospitalier semble disproportionné avec les 2 vague les plus récentes (~même charge hospitalière qu'à l'été 2022, malgré ↘️↘️ des infections)

21/32 En étendant les graphes jusqu'au 23/12/2022 (données dispo les plus récentes), on voit que l'impact hospitalier actuel va même dépasser celui de l'été 2022, alors que le nombre d'infections est plus de 2x MOINDRE que durant l'été !

22/32 Parmi les causes expliquant ce phénomène particulièrement marqué en FR 🇫🇷 par rapport au UK 🇬🇧, on peut citer le retard+++ de rappels vaccinaux en France :

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Nicolas Berrod

@nicolasberrod

Nov 3, 2022

Quoi qu'il en soit, seuls 35 % des plus de 60 ans ont reçu deux doses de rappel de vaccin contre le #Covid19 (la 2e parfois il y a plusieurs mois). En Angleterre, plus de 70 % de des plus de 75 ans ont reçu un nouveau rappel... depuis la rentrée. 5/5 twitter.com/nicolasberrod/

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23/32 Comme évoqué pour le UK 🇬🇧 dans la partie 2, on note aussi une ↗️ de l'IHR apparent (ratio hospit/infections) en France 🇫🇷 durant les vagues les plus récentes, et particulièrement dans la vagua actuelle :

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13/23 Surprise ! L'IHR apparent de la vague BQ.1.1 actuelle est identique à celui de... Delta !

A nombre équivalent d'infections

, on obtient le même impact hospitalier

avec BQ.1.1 qu'avec Delta

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24/32 J'ai refait le petit exercice comparatif des vagues d'infections réelles 🟠 versus pics d'admissions hospitalières 🟢, mais en France 🇫🇷 cette fois. Le graphe montre le % que représente la vague BQ.1.1 actuelle par rapport aux vagues précédentes

25/32 L'excès+++ d'infections actuelles par rapport à l'été 2021 (Delta) rend le graphe peu lisible. Le voici à nouveau mais sans la comparaison de prévalence pour l'été 2021 (Delta) (la réf. est toujours la vaque BQ.1.1 actuelle)

26/32 On remarque à nouveau que l'IHR apparent (risque clinique) ↗️ avec la vague actuelle par rapport aux vagues précédentes (impact hospitalier 🟢 > ou =, malgré un nombre d'infections 🟠 ↘️)...

27/32 J'ai recalculé les pics d'hospitalisations avec l'IHR apparent de la vague BQ.1.1 actuelle pour comparer les pics d'admissions hospitalières tels qu'observés 🟢, versus ce qu'ils auraient été avec l'IHR actuel 🔵. On visualise bien la sévérité ↗️ dans la condition 🔵

28/32 Cependant, contrairement au UK 🇬🇧, l'IHR apparent de BQ.1.1 reste << à celui de Delta (été 2021). Cela vient du fait qu'à l'époque du pic Delta, le taux de vaccination FR 🇫🇷 était << à celui du UK 🇬🇧. Nous étions donc bien moins protégés qu'eux contre Delta

29/32 Idem pour l'impact de la vague BA.1 2022, où nous étions à nouveau moins bien protégés que le UK 🇬🇧 (et donc avec un impact hospitalier disproportionné en France 🇫🇷). Ceci donne l'illusion d'une sévérité > avec Delta ou BA.1 qu'avec BQ.1.1

30/32 Que ce soit via les données UK 🇬🇧, ou via les données FR 🇫🇷, on voit que la protection acquise est de moins en moins performante face aux sous-variants d'Omicron. Certaines causes ont été évoquées dans la partie 2 du thread :

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7/23 A)

de virulence intrinsèque des variants ? Notamment documenté sur modèles animaux, avec une fusogénicité

et destruction des pneumocytes

à chaque nouveau sous-variant Omicron. Notamment une très forte

de fusogénicité avec BQ.1.1 twitter.com/SystemsVirolog

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