ホーリー

@BetrzCvRYtZTTAa

バイオハッカー。ひとり朝輪始めます。 参考→() フィードバックほしいです!😍 ルール ①前日就寝前に論文を決める。 ②通勤ラッシュに揉まれながら論文を読む。 ③概要、特徴、感想をツイート。

Vrijeme pridruživanja: travanj 2016.

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  1. 9. sij

    薬剤濃度ー細胞毒性や細胞毒性ー経時変化の関係から薬剤をクラスタリング。Tox21のアッセイと組み合わせて細胞毒性機序の予測もしている論文。 濃度ー反応曲線と時間変化を組み合わせて3次元グラフから薬剤を評価するの面白そう。 こういう論文を少し漁ってみよう😗

    Poništi
  2. 7. sij

    マウスとヒトとの間の運動神経への分化速度の違いは、遺伝子の塩基配列や細胞内シグナル伝達ではなく、たんぱく質の安定性が決定因子である、という論文。 メカニズム解明には至ってないが、着眼点は面白い。 mRNAやたんぱく質の半減期をる方法は初めて知った←ただの勉強不足

    Poništi
  3. 24. pro 2019.

    糸状仮足を介してSHHシグナルが伝達されることを示した論文。 糸状仮足の中をSHHが移動する様子や、SHH産生細胞と受容細胞がそれぞれの糸状仮足を伸ばしてつながっている様子が観察されている。 プロモーター-3GとTREp-レポーター遺伝子の組み合わせは勉強になった。

    Poništi
  4. 19. pro 2019.

    胚発生過程でBMPの濃度勾配が生じるが、その制御メカニズムについてかなり詳細に纏め上げた論文。 Morphogenの伝達様式やアンタゴニスト、細胞外で働く酵素、ホモダイマーかヘテロダイマーかの違いなどなど、様々な要因でシグナル経路が制御されていることを知れた。奥深い。

    Poništi
  5. 17. pro 2019.

    多能性幹細胞を三胚葉に分化させる際に、DMSOで前処理すると分化効率が上がるらしい。 DMSOがRbのリン酸化を誘導することでE2Fの働きを抑制→G1期からS期へと誘導されるとのこと。これが分化とどう関係するんだろうか??

    Poništi
  6. 16. pro 2019.

    細胞の初期化におけるmRNA発現変化を、分子ビーコンによってリアルタイムでモニタリングした、という論文。 qPCRよりも分子ビーコンの方が検出感度が高いデータが示されている? 分子ビーコンアレイみたいなの作って、各遺伝子発現の挙動をリアルタイムで解析できたら面白そう

    Poništi
  7. 11. pro 2019.

    ゼブラフィッシュ、ニワトリ、マウスそれぞれの前体節中胚葉において、周期的発現をしている遺伝子群が種をこえて保存されていることを明らかにした論文。 周期的発現をしている遺伝子群にはFGF、Wnt、Notchシグナル関連の遺伝子が多いとのこと。

    Poništi
  8. 10. pro 2019.

    Segmentation clockをシングルセルレベル、組織レベルでモニタリングできる技術を開発した、という論文? リアルタイムでレポーター遺伝子の挙動をモニタリング技術は私も使いたいな🙄

    Poništi
  9. 9. pro 2019.

    マウス中胚葉の体節形成において、WntとNotchの周期的なシグナル活性が同調することが重要であることを示した論文。 マイクロ流体デバイスを用いてシグナルの同調を生体外で再現したところがすごい。

    Poništi
  10. 6. pro 2019.

    ACTIVINがMorphogenとして機能するためにWntシグナルの前感作が重要であることを示した論文。 多能性幹細胞にACTIVIN処理しても分化が進まないが、Wntシグナルの前処理があると分化が進む。 直前のシグナルに感作されたシグナル細胞が記憶しているところが面白い😀

    Poništi
  11. 4. pro 2019.

    多能性幹細胞の分化前後でWntシグナルの転写因子β-cateninの挙動が異なることを示した論文。 分化前はシグナルに感作されると一過的に核内にβ-cateninが移行するが、分化するとシグナル感作後は核内にしばらく留まるようだ。著者の言うadaptationはよく理解できなかった😥

    Poništi
  12. 3. pro 2019.

    Morphogenの「濃度変化」が分化を制御することを示した論文。 単一のMorphogenでも、濃度だけでなく濃度変化(徐々に感作されるとか、パルス的に感作されるとか)によって、受け手の細胞の反応が変わるところが面白い。

    Poništi
  13. 2. pro 2019.

    最終的に表現型への影響を評価しやすいところはゼブラフィッシュの利点なのかな

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    Poništi
  14. 2. pro 2019.

    蛍光の強弱を色変えて表現するのは見やすくなるし理解しやすくなるな。

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    Poništi
  15. 2. pro 2019.

    ゼブラフィッシュの胚発生過程において、Wntシグナルの勾配が保持される機構を解明した論文。勾配を逸脱した細胞ではROSシグナルを介してアポトーシスが誘導される。 Fig多し。実験量に恐れ入りました😲 行きの電車では読みきれず、帰りの電車でも読む。もはや朝輪ではない😱

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    Poništi
  16. 1. pro 2019.

    しばらくmorphogenとレポーターアッセイ関連の論文を読み漁ろう

    Poništi
  17. 1. pro 2019.

    HHシグナルのフィードバックループをレポーター遺伝子を使って解析した論文。HHが細胞表面を走ってシグナル伝達されるのは常識なの? 応答配列とレポーター遺伝子の組み合わせ方は勉強になった。 数理モデルが出てくるとさっぱり理解が進まない。まだまだ勉強が足りてないや😭

    Poništi
  18. 30. stu 2019.

    hES細胞に薬剤を処理し、DEGsのうち10個程度の遺伝子の発現変化量からSVMと遺伝子ネットワークとを組み合わせて薬剤の毒性を予測したという論文。 適切に重み付けし、機械学習を行うことで予測制度が上がるようだ。 選択した10遺伝子とMOAに関連性があるのか不明。

    Poništi
  19. 28. stu 2019.

    体節形成時に周期的に発現するHES7をin vitroで再現した。分化阻害したから周期的な振動が抑制されたのか、WNT/β-catenin/TGF-βが直接HES7の周期期発現を制御したのか、この結果からは分からなかった。

    Poništi
  20. 27. stu 2019.

    シグナル撹乱と薬剤濃度の関係をレポーターアッセイで評価。分化させると日ごとに遺伝子発現が変動するのが毒性評価を難解にする?

    Poništi

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