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  1. 吸血コウモリは三叉神経節が巨大でpit organの感熱性と関連している。三叉神経節ではTRPV1の特異的splicingが生じて高温感受チャネルとして働く。ヘビはTRPA1を高温感受に用いており、分子進化が収斂的に起こった。nature.com/nature/journal… 7:12 PM Aug 9th, 2011 via web
  2. VF2468はVEGFAをターゲットにするZFN(ジンクフィンガーヌクレアーゼ)である。in vivoでは1-3塩基置換のあるoff-targetも認識し、ヒトゲノム31箇所の余分なcleave siteが生じる。 nature.com/nmeth/journal/… 7:03 PM Aug 9th, 2011 via web
  3. CENP-BはLTR transposonに結合しヒストンアセチル化してLTRをsilenceするとともに、SapIを誘導して複製フォークの進行を調節する。ということはLTRの頻度はgenomeのinstabilityに関与する？ http://bit.ly/fmBQBU 6:19 PM Jan 6th, 2011 via bitly
  4. RNA-Seqとアレイの近縁種間遺伝子発現比較。48.68MリードのRNA-Seqではアレイに比べ遺伝子のカバー率や感受性が著しく改善。一方低発現遺伝子ではエラーが増加。種間発現に差違のある遺伝子は低発現遺伝子に多く、実験デザインに要注意。 http://j.mp/ga4TYd 8:09 PM Nov 28th, 2010 via bitly
  5. 第３世代シーケンサーのレビュー。Single-molecule real-time sequencingは、理想的にread length~10,000bpであるため、de novoゲノムのLong repeatを乗り越えることに期待. http://bit.ly/9FvbDl 1:55 AM Nov 22nd, 2010 via bitly
  6. メチル化認識制限酵素と、High C0t (HC) selection(高頻度な配列ほどrenatureしやすい)により、maizeのrepeat配列を除去。遺伝子は６倍高密度。"Science, 2003" http://bit.ly/b2w1mf 1:43 AM Nov 22nd, 2010 via bitly
  7. apple ESTから倍数化による遺伝子重複を同定。同義座位の進化距離をplotすることで、遺伝子重複を３つのevent(randomな小規模重複、双子葉類の根元・ナシ亜科の根元での倍化)に分離。Young paralogは機能に関連。http://bit.ly/a6mwKl 2:44 AM Nov 13th, 2010 via bitly
  8. 理想的には20Xのカバレージ+数100bp&3-10kbpのpair endが必要。Turkeyゲノムは20X(Illumina)+5X(454)でN50=12kbを達成(chickenの2.5%のコストで)。http://bit.ly/aZHpUb 2:40 AM Nov 13th, 2010 via bitly
  9. NGSを用いたde novoゲノムシーケンスのreview.short readからアセンブルするde Bruijn graph assemblerはrepeat配列を乗り越えるのが不得意のため、pair endシーケンスの活用が必須。http://bit.ly/aZHpUb 2:39 AM Nov 13th, 2010 via bitly
  10. ライフサイエンス 新着論文レビュー "トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを，だれでも自由に閲覧・利用できるよう，いち早く公開します" from @ma_ko http://j.mp/cjD7tA 4:08 PM Aug 31st, 2010 via bitly
  11. ニワトリとヒトの性染色体はZW/XYと異なるが収斂進化の産物。ニワトリZ染色体とヒトX染色体には共通の性質: 遺伝子密度が薄い/反復配列が多い/精巣で発現する遺伝子が多い。 性染色体の進化過程で収斂的に遺伝子増加と性特異的発現を獲得。 http://j.mp/9jmXWP 3:34 AM Jul 16th, 2010 via bitly
  12. 双極細胞BCは視細胞とシナプス結合する2次ニューロンである。ON型BCはmGluR6を介して伝達物質Gluを受け取り脱分極する。TRPM1がmGluR6に活性化されたGoが結合するtargetのカチオンチャネルであることが示された。http://bit.ly/b36BIQ 10:54 PM Jul 13th, 2010 via bitly
  13. バージェス頁岩から発見されたNectocarisは殻をもたず、２本の触手とカメラ眼を備えたイカに似た頭足類。頭足類の記録を３千万年と繰り上げると共に、殻のない鞘形類likeな祖先からオウムガイが生じたという、従来とは逆の進化経路を示唆。 http://bit.ly/clI7xF 7:55 PM Jul 13th, 2010 via bitly
  14. 備忘録 Axin1-GSK3b ->ubiqutin化 beta catenin -> Wnt target off Li+はGSK3bを阻害しWntを活性化。zebraではmidblaturaでPax6 off->小眼/無眼異常胚。 http://bit.ly/cylo5d 5:20 AM Jul 12th, 2010 via bitly
  15. Roche, IBM次次世代シーケンサ。以下サイトに動画あり。DNAを増幅なし、cutなしで読める１分子シーケンサー、1リード長が長いほどアセンブル不要で強みか？サイトのG, T, A, C amino acids表記はbaseの間違い。http://bit.ly/cBbPub 4:39 AM Jul 2nd, 2010 via bitly
  16. Roche、IBMと共同で１分子シーケンサー開発へ。 “DNA Transistor” technologyを用いたシーケンサーでヒトゲノム$100台を目指す。1nm~のnanoporeの開いた基板にDNA分子が通るときの電流を検知。http://bit.ly/cBbPub 4:35 AM Jul 2nd, 2010 via bitly
  17. 内部寄生生物のコア代謝経路をKEGGを利用して独立栄養生物と比較。寄生生物では独立生物より少ないedge/node/connectivity等を持つ傾向。またNAD要求反応を優先的に消失した一方、ATP要求反応は保持しつつ進化してきた。I http://j.mp/azJGZS 12:58 AM Jun 15th, 2010 via bitly
  18. キンカチョウにおいて、6つの異なる組織のcDNA20000配列を解析し、11,793配列を同定。Coverageは65%。これら組織特異的遺伝子発現と遺伝子におけるdN/dSには明白な相関関係。また10個のMHC遺伝子発現も発見。I /http://j.mp/9FCUsU 8:23 PM Jun 12th, 2010 via bitly
  19. 珊瑚の一種、Acropora milleporaからNGSにより熱耐性や幼生の着生・成長などに関与する11,000種の遺伝子を同定。その大多数は必要不可欠な代謝やシグナリング経路に関与。また、30000以上のSNPsも検出された。I http://j.mp/cYn8VK 8:20 PM Jun 12th, 2010 via bitly
  20. 既知のSINEとcore domainが異なる第４のSINEを軟体動物、頭足類から発見した。tRNA由来ドメインをもち、polIIIによって転写される。コウイカ、閉眼、開眼、ヒメイカの各目はそれぞれ独立のSINEをもつ独立の系統である。http://bit.ly/9pvJVm 10:54 PM Jun 7th, 2010 via bitly
  • Name Ogura Lab
  • Location 東京都文京区
  • Web http://whelix.info
  • Bio 分子進化学 生命情報学 ゲノム生物学 眼の進化 生物多様性 軟体動物 ヒメイカ オウムガイ お茶の水女子大学 研究者
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